Ab sofort stellen wir jede Woche einen der sechs neuen Promovierenden des LFV INFECTIONS vor. Zu diesem Zweck haben die PhDs ein paar kurze Fragen beantwortet. Heute beginnen wir mit Baban Kolte, einem Bioinformatiker aus Indien.
Baban Kolte ist im LFV INFECTIONS im Interdisziplinären Projekt Team 1 (IPT1) "Zentrale mikrobiologische, metagenomische und spektroskopische Analysen der antimikrobiellen Resistenz" tätig. Ziel dieses Projektes ist es, die in den anderen IPTs identifizierten antimikrobiell resistenten (AMR) - Bakterien quantitativ zu erfassen und phänotypisch und genomisch zu charakterisieren. Seine Forschung dient als zentraler Knotenpunkt für die bioinformatische Analyse von Sequenzierungsdaten und die spektroskopische Identifizierung von AMR-Bakterien.
Steckbrief Baban Kolte (aus dem Englischen übersetzt)
Name: Baban Kolte
Alter: 27 Jahre
Wo und was hast du studiert?
Ich komme aus Maharashtra, Indien, und habe meinen Master in Bioinformatik an der Savitribai Phule Pune University (SPPU) gemacht. Im Rahmen meiner Masterarbeit am Bioinformatikzentrum der SPPU habe ich die Datenbank "FilTer BaSe: A web accessible chemical database for small compound libraries" entwickelt. Diese Arbeit wurde im Journal of Molecular Graphics and Modelling veröffentlicht. Darüber hinaus habe ich ein Jahr lang im Fachbereich Biotechnologie der SPPU an Projekten wie der Insilico-Wirkstoffentdeckung, der Entwicklung von Datenbanken für Flavonoide und Chalkonverbindungen und der Entwicklung eines neuartigen Peptidimpfstoffs gegen das Hepatitis-C-Virus mitgewirkt. Hierbei setzte ich sowohl experimentelle als auch rechnerische Methoden ein. Auch diese Forschungsergebnisse wurden in verschiedenen wissenschaftlichen Fachzeitschriften mit peer-review Verfahren veröffentlicht. Bevor ich meine Promotion am Leibniz-Institut DSMZ begann, habe ich als Bioinformatiker im Fachbereich Chemie der Universität Hamburg gearbeitet. Meine Tätigkeit umfasste die Analyse von next-generation-sequencing-Daten und die Entwicklung eines Algorithmus zur Erkennung kleiner open-reading-frames in bakteriellen Genomen, die für kleine Proteine kodieren. Im Jahr 2021 wurde diese Arbeit in Nucleic Acids Research bzw. PLOS Genetics veröffentlicht.
Welches Forschungsfeld interessiert dich am meisten?
Ich habe mich schon immer für Genomik und computergestützte Arzneimittelentwicklung interessiert. Insbesondere die Zusammenarbeit mit experimentellen Biolog*innen und Informatiker*innen zur Lösung aktueller und sich entwickelnder biologischer Probleme ist für mich als Bioinformatiker äußerst interessant.
Warum hast du dich bei dem Leibniz-Forschungsverbund INFECTIONS beworben?
Ich habe mich für das Projekt INFECTIONS des Leibniz-Forschungsverbunds beworben, weil es mir die großartige Gelegenheit bietet, mit Forscher*innen aus verschiedenen Bereichen zusammenzuarbeiten. Es gibt mir die Chance, viel zu lernen und meine technischen und wissenschaftlichen Fähigkeiten zu erweitern. Dies wird mir auch beim Erreichen meiner zukünftigen Ziele hilfreich sein. Das IPT1-Projekt fasziniert mich, weil es genau in mein Interessengebiet fällt.
Beschreibe dein Forschungsprojekt kurz und allgemeinverständlich:
Dank des "INFECTIONS"-Projekts tauche ich derzeit in die faszinierende Welt der antimikrobiell resistenten (antimicrobial resistent, AMR)- Erreger ein. Mein Projekt im IPT1 fungiert als zentraler Knotenpunkt für die bakteriologische, molekularbiologische und bioinformatische Analyse von groß angelegten genomischen und metagenomischen Sequenzierungsdaten und die spektroskopische Identifizierung von AMR-Bakterien. Ziel dieses Projekts ist es, die Verteilung, Vielfalt und Verbreitung von AMR zu verstehen.
Was meinst du wird die größte Herausforderung, aber auch die größte Chance
während deiner Arbeit im Verbund?
Das gesamte Forschungsprojekt ist eine Herausforderung und wird es mir ermöglichen, umfassende Fähigkeiten und Kenntnisse in der AMR-Forschung zu erwerben. Ich denke, dass die Vereinigung der Expertise von Wissenschaftler*innen aus vielen verschiedenen Disziplinen (z.B. Mikrobiologie, Ökologie, Entomologie, Epidemiologie, Veterinärmedizin, Sozialwissenschaften, Informatik und Ingenieurswesen) die interessanteste und vielversprechendste Aufgabe sein wird, die gleichzeitig aber auch eine große Herausforderung darstellt.
Vielen Dank für das Interview. Wir freuen uns dich mit an Bord zu haben!